Nel 1938, in conseguenza delle leggi razziali promulgate dal Fascismo, Fano perde il posto d'insegnamento in conservatorio. Cerca, senza riuscirvi, di espatriare in Svizzera e in America, ed è infine costretto, nel 1942, a rifugiarsi a Fossombrone ed Assisi per sfuggire alle deportazioni. Nei mesi precedenti la fuga compone un Tema con variazioni per pianoforte e il Quartetto in la minore; nel travagliato periodo dell'esilio un altro pezzo per pianoforte, il Corale variato.
A Fossombrone viene ospitato da un sacerdote, don Giovanni Vernarecci, e ad Assisi in un convento di monache clarisse clarettine. Qui rimane per circa due anni, raggiunto dai figli Vitale (con la moglie Leontina Sepe e il figlio Guido) e Fabio. Nel marzo del 1945 nasce la seconda nipotina, Bianca, figlia di Vitale e Leontina: nelle settimane precedenti la sua nascita il musicista si dedica alla composizione di otto liriche per canto e pianforte, sette delle quali su poesie di Gabriele D'Annunzio e una su una poesia di Giosuè Carducci.
Dopo la liberazione torna a Milano dove viene reintegrato nel suo posto di insegnamento.